Басқарма Төрағасы – Ректордың 12.07.2021 ж. №126 бұйрығымен "Азаматтық авиация академиясы" АҚ ғылыми-зерттеу жұмыстарының негізгі басым бағыттары анықталды.
- ӘК ТҚКЖ бойынша мамандарды даярлаудың халықаралық стандарттарға көшу проблемалары. Жетекшісі – Битенов А.Б.;
- Ұшу қауіпсіздігі және оларды қамтамасыз ету, Жетекшілері – Оспанов Е.А., Алдамжаров Қ.Б.;
- Қазақстан Республикасының әуе кеңістігінде ұшу қауіпсіздігін қамтамасыз ету үшін жасанды интеллект технологияларын қолдана отырып, пилотсыз ұшу аппараттарын пайдаланудың және оларға техникалық қызмет көрсетудің ғылыми негіздерін әзірлеу, Жетекшілері – Тулеушова Р.Ж., Алдамжаров Қ.Б.;
- Азаматтық авиацияның жұмыс істеуі туралы статистикалық және техникалық-экономикалық ақпаратты талдау және қызметті жетілдіру жөнінде ұсыныстар дайындау, Жетекшісі – Сейдахметов Б.К.;
- Техникалық көруді қолдана отырып, авиациялық тораптар мен агрегаттарды бұзбайтын бақылау мен диагностикалау деректерін жинау мен талдаудың зияткерлік кешенін әзірлеу, Жетекшісі – Кошеков Қ.Т.;
- Авиациялық қауіпсіздікті қамтамасыз ету үшін жарылғыш және есірткі заттарды сәйкестендіру технологияларын зерттеу, Жетекшісі – Имашева Г.М.;
- Кескіндерді талдау, 3D-көріністерді қайта құру, желілік трафик және ақпараттық жүйелердің қауіпсіздігі, оларды пайдаланудың экономикалық тиімділігі және авиациялық техниканың өнімділігі міндеттеріндегі үлкен массивтерді өңдеудің перспективалық әдістерін әзірлеу, Жетекшісі – Кошеков Қ.Т.;
- Авиациялық техниканың виртуалды бұйымдарын жасаудың компьютерлік технологияларын жобалау және құрастыру әдістерін әзірлеу, Жетекшісі – Федоров И.О.;
- АА саласында өңірлік жобаларды әзірлеу, Жетекшісі – Мухтыбаев С.Х.;
- Қазақстан Республикасы Азаматтық авиациясының кадрлық әлеуетін дамыту, Жетекшісі – Жакупов Қ.Б.;
- Авиациялық радиоалмасу фразеологиясын қазақ тілінде әзірлеу және енгізу: терминология, әдістеме, латын әліпбиінің бейімделуі, Жетекшісі – Тулекова Г.К.;
- Авиация саласының академиялық хатын жетілдірудің ғылыми-практикалық ережелері мен ұсынымдарын әзірлеу және енгізу, Жетекшісі – Баданбекқызы З.;
- CLIL негізінде кәсіби ағылшын тілін дамыту, Жетекшісі – Баданбекқызы З.;
- Қазақстан Республикасының Ауыл шаруашылығы мұқтажы үшін шағын авиацияны дамыту тұжырымдамасы, Жетекшісі – Қарсыбаев Е.Е.